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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST002246","ANALYSIS_ID":"AN003666","VERSION":"1","CREATED_ON":"August 9, 2022, 8:09 am"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Longitudinal fecal metabolomic profiles from mothers and their infants in the EDIA study","PROJECT_TYPE":"Metabolomic profiling of human fecal samples","PROJECT_SUMMARY":"In a cohort consisting of 32 mother-infant dyads, we profiled the fecal metabolome at birth and at 3 and 6 months of infant age. Metagenomes from the same samples were also generated.","INSTITUTE":"Broad Institute of MIT and Harvard","LAST_NAME":"Xavier","FIRST_NAME":"Ramnik","ADDRESS":"415 Main Street","EMAIL":"rxavier@broadinstitute.org","PHONE":"6177147080","FUNDING_SOURCE":"National Institutes of Health (P30 DK043351), Juvenile Diabetes Research Foundation (grant 2-SRA-2016-492 247-S-B)","CONTRIBUTORS":"Tommi Vatanen, Karolina S. Jabbar, Terhi Ruohtula, Jarno Honkanen, Julian Avila-Pacheco, Heli Siljander, Martin Stražar, Sami Oikarinen, Heikki Hyöty, Jorma Ilonen, Caroline M. Mitchell, Moran Yassour, Suvi M. Virtanen, Clary B. Clish, Damian R. Plichta, Hera Vlamakis, Mikael Knip, Ramnik J. Xavier"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Longitudinal fecal metabolomic profiles from mothers and their infants in the EDIA study","STUDY_SUMMARY":"In a cohort consisting of 32 mother-infant dyads, we profiled the fecal metabolome at birth and at 3 and 6 months of infant age. Metagenomes from the same samples were also generated.","INSTITUTE":"Broad Institute of MIT and Harvard","LAST_NAME":"Xavier","FIRST_NAME":"Ramnik","ADDRESS":"415 Main Street","EMAIL":"rxavier@broadinstitute.org","PHONE":"617717084"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Human","SUBJECT_SPECIES":"Homo sapiens","TAXONOMY_ID":"9606"},
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"Subject ID":"M0568",
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"Subject ID":"M0568",
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"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"0192_XAV_EDIA_HP-301029.raw","RAW_FILE_NAME":"0192re_XAV_EDIA_CP-301029.raw","RAW_FILE_NAME":"0192_XAV_EDIA_CN-301029.raw","RAW_FILE_NAME":"0192_XAV_EDIA_HN_301029.raw"}
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"The participating women collected stool samples at home or in the delivery hospital. Infant stool samples were collected by the mothers at home and stored in the household freezer (−20°C) until the next visit to the study center. The samples were then shipped on dry ice to the EDIA Core Laboratory in Helsinki, where the samples were stored at −80°C.","SAMPLE_TYPE":"Feces"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"NA"},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Stool samples were homogenized in 10 μL of water per milligram stool sample weight using a bead mill (TissueLyser II; Qiagen) and the aqueous homogenates were aliquoted for metabolite profiling analyses. LC-MS samples were prepared for four profiling methods as follows: HILIC-pos: Metabolites were extracted by adding 90 μL of 74.9:24.9:0.2 v/v/v acetonitrile/methanol/formic acid containing stable isotope-labeled internal standards (valine-d8, Isotec; and phenylalanine-d8, Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA) to a 10 μL aliquot of stool homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C) to pellet protein precipitates. Supernatants were transferred to glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis. C8-pos: Lipids were extracted by adding 190 μL of isopropanol containing 1-dodecanoyl-2-tridecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine as an internal standard (Avanti Polar Lipids; Alabaster, AL) to a 10 μL aliquot of stool homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, 9,000 x g, ambient temperature) to pellet protein precipitates. Supernatants were transferred to glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis. HILIC-neg: Metabolites were extracted by adding 120 μL of 80% methanol containing inosine-15N4, thymine-d4 and glycocholate-d4 internal standards (Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA) to a 30 μL aliquot of stool homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C) to pellet protein precipitates. Supernatants were transferred to glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis. C18-neg: Metabolites were extracted by adding 90 μL of methanol containing PGE2-d4 as an internal standard (Cayman Chemical Co.; Ann Arbor, MI) to a 30 μL aliquot of stool homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C) to pellet protein precipitates. Supernatants were transferred to glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis."},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_TYPE":"HILIC","INSTRUMENT_NAME":"Shimadzu Nexera X2","COLUMN_NAME":"Waters Atlantis HILIC (150 x 2 mm, 3 μm)"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"Thermo Q Exactive Plus Orbitrap","INSTRUMENT_TYPE":"Orbitrap","MS_TYPE":"ESI","ION_MODE":"POSITIVE","MS_COMMENTS":"Raw data were processed using TraceFinder 3.3 software (Thermo Fisher Scientific; Waltham, MA) and Progenesis QI (Nonlinear Dynamics; Newcastle upon Tyne, UK). Metabolite identities were confirmed using authentic reference standards or reference samples.","MS_RESULTS_FILE":"ST002246_AN003666_Results.txt UNITS:Unitless Abundances Has m/z:Yes Has RT:Yes RT units:Minutes"},

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